Odeljenje Prirodnjačkog muzeja otvoreno je 1. oktobra 1975. godine.

Muzej predstavlja stalnu tačku interesovanja i pažnje kako za turiste koji posećuju Belogradčik, tako i za učenike i studente iz regiona.

Česti posetioci su studenti univerziteta, diplomci i istraživači, koji ovde mogu pronaći fotografsku dokumentaciju, objedinjene podatke sa terenskih istraživanja i bogatu zbirku stručne literature.

Muzejska postavka jedinstvena je u severozapadnoj Bugarskoj. Od samog osnivanja, koncept muzeja nije bio samo upoznavanje posetilaca sa florom i faunom regiona, već i isticanje ekoloških aspekata prirode.

Trenutno izložba sadrži 520 eksponata, dok muzejska zbirka broji približno 2.500 dodatnih predmeta (ukupno oko 3.000). Među njima se nalazi 39 preparata evropski i svetski zaštićenih vrsta obuhvaćenih Bernskom konvencijom, dok 128 eksponata (predstavnika flore i faune) ima status ugroženih vrsta prema Zakonu o biodiverzitetu.

Sve to čini zbirku izuzetno vrednom. Na relativno malom prostoru odeljenje prikazuje neke od najatraktivnijih predstavnika žive i nežive prirode karakteristične za severozapadnu Bugarsku, od prošlih geoloških epoha do savremenog doba.

Među eksponatima se nalaze uzorci stena, preparirane životinje (insekti, vodozemci, gmizavci, ptice i sisari), ptičja jaja i herbarijumski primerci biljaka. U izložbenim salama eksponati su raspoređeni po ekološkom principu (prema biotopu koji naseljavaju), što posetiocima omogućava jasnije razumevanje odnosa u prirodi.

Stručnjaci muzeja razvili su zanimljiva vođenja prilagođena uzrastu i interesovanjima posetilaca, predstavljajući interesantne i neobične činjenice iz sveta živih bića. Izložba uključuje i foto-panoe sa prelepim prizorima jedinstvenog prirodnog fenomena „Belogradčičke stene“.

Muzej u svojim glavnim i pomoćnim naučnim zbirkama čuva više od 3.000 prirodnjačkih primeraka i pratećih materijala, uključujući minerale, stene i rude; paleontološki materijal (kosti praistorijskih životinja poput pećinskog medveda i pećinske hijene); zoološki materijal (preparirane životinje, kože i lobanje); herbarijumske primerke biljaka; kao i originalnu fotografsku dokumentaciju, uključujući fotografije koje su snimili muzejski saradnici..

Tokom godina formirana je i bogata biblioteka sa više od 600 naslova popularno-naučne i stručne literature.

Naučnoistraživačka delatnost odeljenja „Priroda“ usmerena je na retke i ugrožene vrste flore i faune severozapadne Bugarske, kao i na jedinstvene lokalne endemske vrste.